Der Deutsch-Polnische Nachbarschaftsvertrag von 1991 legte den Grundstein für die heutige deutsch-polnischen Zusammenarbeit im kommunalen Bereich. Auch für die Landsmannschaft Ostpreußen war dies der Beginn des Dialogs zwischen Heimatkreisgemeinschaften und den Repräsentanten der polnischen Gebietskörperschaften in den historischen deutschen Ostgebieten.
Seit dem Jahr 2000 veranstaltet die Landsmannschaft regelmäßig die Kommunalpolitischen Kongresse. Aus der Idee, Polen bei allem Beharren auf der Klärung offener Fragen auch fair und partnerschaftlich zu helfen, ist eine intensive Zusammenarbeit entstanden.
Der erste Kongress im Jahr 2000 stand unter der Schirmherrschaft des damaligen stellvertretenden Ministerpräsidenten von Brandenburg, Jörg Schönbohm. Vor dem Hintergrund kommunaler europapolitischer und wirtschaftlicher Themen kam es auch zu einer Annäherung an vertriebenenpolitischen Themen.
Ein Höhepunkt war das Grußwort des polnischen Staatspräsidenten Aleksander Kwasniewski zum 2. Kongress im Jahr 2001 in Elbing, Zitat: „Diese Tatsache, die eine Fortsetzung der Verbindungen zwischen den jetzigen und den ehemaligen Bewohnern in Elbing und anderen Gebieten Polens mit ähnlicher Vergangenheit ist, stellt einen der glaubwürdigsten und authentischen Beweis für die Normalisierung der deutsch-polnischen Beziehungen und der fortschreitenden europäischen Integration dar". Dieser Weg ist seitdem kontinuierlich beschritten worden.
Der Sprecher der Landsmannschaft Ostpreußen, Wilhelm v. Gottberg, thematisierte im Jahr 2004, dem Beitrittsjahr Polens zur EU, den schwierigen Anpassungsprozess der polnischen Landwirtschaft. In Polen arbeiteten zu diesem Zeitpunkt noch 20 Prozent der Bevölkerung in der Landwirtschaft, in Deutschland dagegen nur zirka drei Prozent. Mit Blick auf die daraus erwachsenden Probleme für den Arbeitsmarkt forderte der Sprecher von der Politik, „soziale Verwerfungen erträglich zu machen". Auch heikle Themen fanden Platz in den Diskussionen. So grenzte sich von Gottberg deutlich von der „Preußischen Treuhand", die eine Privatinitiative sei, ab und nahm so linken Kritikern den Wind aus den Segeln. Andererseits kritisierte er auch, dass die Politik im Nachbarschaftsvertrag „verschiedene Themen ausgeklammert" habe. Klar bezog v. Gottberg auf diesem Kongress Stellung in der Diskussion über das geplante (und inzwischen vom Bund der Vertriebenen durchgesetzte) Zentrum gegen Vertreibungen in Berlin: „Wie wir unserer Opfer aus der ersten Hälfte des schrecklichen 20. Jahrhunderts gedenken, das muss man uns überlassen. Das ist eine innere Angelegenheit Deutschlands."
Der damalige bayerische Innenminister Günther Beckstein forderte in seinem vielbeachteten Beitrag das deutsch-polnische Plenum auf, sich durch extremistische Positionen nicht verunsichern zu lassen. Dieser vierte Kommunalpolitische Kongress wurde zu einem Meilenstein in den deutsch-polnischen Beziehungen auf kommunaler Ebene. Dies wurde nicht zuletzt deutlich am Grußwort, das Bundespräsident Horst Köhler an den fünften Kommunalpolitischen Kongress 2005 in Dresden richtete. „Ich freue mich über diese Initiative der Landsmannschaft Ostpreußen für gute Nachbarschaft und kommunale Zusammenarbeit in Europa", würdigte der Bundespräsident die Veranstaltungsreihe. Teilnehmer waren unter anderem der spätere Bundesfinanzminister Dr. Wolfgang Schäuble und der spätere Bundesinnenminister Dr. Thomas de Maizière.
Weitere Deutsch-Polnische Kommunalpolitische Kongresse beschäftigten sich unter anderem mit Deutsch-Polnischen Erinnerungsorten und der Bedeutung der Reformation für Ostpreußen und Polen. Von zentraler Bedeutung sind auch diejenigen Tagungen gewesen, die die deutsche Minderheit in der Woiwodschaft Ermland und Masuren zum Inhalt hatten.
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